Rainer Eckert war an der Universität Leipzig als Dozent und Professor für Russische Sprache tätig und langjähriger Leiter des Bereichs Slawistik, Balkanologie und Finnougristik am Zentralinstitut für Sprachwissenschaft der Akademie der Wissenschaften der DDR in Berlin. Er wirkte als erster Professor für das Fach Baltistik in Deutschland an der Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald und gründete dort 1993 das Institut für Baltistik. Von 1984 bis 2015 war er Vorsitzender des Baltistenkreises zu Berlin.